(19 598)
- V - |
Fortgeschrittenes C++
(2, N)
(2 SWS) (3 LP) (max. 40 Teiln.); Di 14.00-16.00 - Institut für Informatik, Seminarraum 006 |
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Knut Reinert |
Inhalt
In dieser Vorlesung werden wir fortgeschrittene Aspekte der C/C++ Programmierung besprechen (Templates, STL, Code-Optimierung, usw.). Ziel ist die möglichst weitgehende Beherrschung dieser hochkomplexen Programmiersprache.Es wird angenommen, dass die Teilnehmer bereits über solide Grundkenntnisse in C/C++ verfügen. Interessierte Hörer aller Fachrichtungen sind herzlich willkommen.Anmeldung auf der Webseite.
Zielgruppe
Bachelor und Master Studenten Bioinformatik und Informatik
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Main/index.page.htm& |
Sprechstunden
Knut Reinert: n.V.
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(19 553)
- V - |
Sequence analysis II
(1, 2, N)
(2 SWS) (3 LP) (max. 25 Teiln.); Di 10.00-12.00 - Institut für Informatik, Seminarraum 006 |
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Knut Reinert |
Inhalt
In this lecture we present several topics of practical relevance in the field of sequence analysis. In contrast to the Bachelor courses we aim at a deeper understanding of the algorithms and a more thorough analysis.Please sign up for the seminar on the group web page.
Zielgruppe
Master Studenten Bioinformatik
Literatur
1) Selected original papers 2) Dan Gusfield: Algorithms on strings, trees, and sequences 3) Navarro, Raffinot: Flexible Pattern Matching
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Main/index.page.htm |
Sprechstunden
Knut Reinert: n.V.
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(19 554)
- Ü - |
Übungen zu Sequence analysis II
(1, 2, N)
(2 SWS) (3 LP); Fr 10.00-12.00 - Institut für Informatik, Seminarraum 055 |
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Knut Reinert,
Andreas Döring |
Inhalt
Exercise of lecture 'Sequence analysis II'.
Zielgruppe
Master's students
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Teaching/Lectures/SS05/02,ue_seqan.lecture.htm |
Sprechstunden
Knut Reinert: n.V.
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(19 576)
- S - |
Journal Club Computational Biology (Master and PhD students)
(N)
(2 SWS) (3 LP) (max. 10 Teiln.); Di 16.00-18.00 - Institut für Informatik, Seminarraum 046 |
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Knut Reinert |
Inhalt
In this seminar we will present original work in Computational biology as well as progress reports from PhD students. Master students can participate and are assigend a paper to present. If they talk about their masters thesis, no credits are awarded.Please sign up for the seminar on the group web page.
Zielgruppe
Master and PhD students.
Literatur
Recent original research papers.
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Main/index.page.htm |
Sprechstunden
Knut Reinert: n.V.
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(19 577)
- S - |
Statistical Methods in Bioinformatics
(1, N)
(2 SWS) (5 LP) (max. 14 Teiln.); Do 10.00-12.00 - Institut für Informatik, Seminarraum 053 |
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Knut Reinert |
Inhalt
In this seminar we read the book "Statistical Methods in Bioinformatics" by Warren Ewens and Gregory Grant. The seminar ia assigned to the Studienbereiche "Analyse und Visualisierung biologischer Massendaten" and "Speicherung and analysis of genomic and proteomic data" and counts 5 credits. Since all participants are to work through the book, at each seminar, two speakers are drafted in a lotterie. Hence all participants have to be prepared always. Obviously I do not expect a polished talk. Rather the speaker should lead the discussion using his or her notes. Assume there are 15 spits (that means 30 talks). If there are 10 participants then there will be 3 lots each. Everybody is allowed to refuse a talk without giving a reason and nobody can be drawn in two consecutive weeks. The mark will be awarded as the medium value of all talks. Repeated absence or refusals to talk will lower the mark.Please sign up for the seminar on the group web page.
Zielgruppe
Bioinformatik Master Studenten
Literatur
Statistical Methods in Bioinformatics
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Main/index.page.htm |
Sprechstunden
Knut Reinert: n.V.
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(19 083)
- V - |
Kontinuierliche Markov Ketten und ihre Anwendungen (Markov Ketten II)
(AM)
(4 cr); Di 16.00-18.00 - Arnimallee 2-6, SR 031 |
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Wilhelm Huisinga,
Tobias Jahnke,
Eike Meerbach |
Sprechstunde: Huisinga Mo 10-11
Meerbach Do 14-15
Jahnke Di 9-10
Inhalt: Markovketten sind zu einem wichtigen Werkzeug in der Modellierung und Analyse dynamischer Systeme geworden, dabei bieten sie aufgrund ihrer konzeptionellen Einfachheit einen guten Einstieg in die Theorie der stochastischen Prozesse. Aufbauend auf der Vorlesung "Einführung in die Theorie der Markov Ketten" werden wir in die Theorie kontinuierlicher Zustandsräume und kontinuierlicher Zeit einführen. Insbesondere werden wir die Klasse der Markov-Sprung- und Diffusionsprozessen behandeln. Dies wird es uns u.a. erlauben, zellulären Prozesse oder die räumliche Ausbreitung von Botenstoffen zu modellieren.
Weitere Informationen (wie z.B. Literatur) unter URL; http://biocomputing.mi.fu-berlin.de/Lehre/MarkovKettenII_SS05/.
Zielgruppe: Mathematiker ab 4. Semester, Masterstudenten Bioinformatik.
Hinweise für BioInformatik-Studierende: Diese Veranstaltung fällt in die Schwerpunkte A+B.
Voraussetzungen: Grundlegende Kenntnisse in der linearen Algebra werden vorausgesetzt. Vorkenntnisse in der Wahrscheinlichkeitstheorie sind von Vorteil, können aber auch nachgearbeitet werden. Es wird auf die Vorlesung "Einführung in die Theorie der Markov Ketten" aufgebaut.
Scheinkriterium: Das Bestehen einer Klausur am Ende des Semesters. Zulassungsskriterium zur Klausur ist das Erreichen einer Punktzahl von mindestens 60% der Maximalpunktzahl bei der Bearbeitung der wöchentlichen Übungsaufgaben.
Perspektiven: Ergänzende Veranstaltungen im Bereich Scientific Computing mit Möglichkeit zur Abschlussarbeit in verschiedene Richtungen. |
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(19 226)
- S - |
Der lange Weg zum Wirkstoff
(2 SWS) (5 cr); Do 16.00-18.00 - Takustr. 9, SR 053 |
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Wilhelm Huisinga,
Tobias Jahnke,
Frank Cordes |
Sprechstunde: W. Huisinga Mo 10-11
Inhalt: Das Seminar möchte exemplarisch Stationen auf dem langen Weg zum Wirkstoff behandeln. Hierzu zählen z.B. die Röntgenstrukturanalyse, Sequenzierung, Datenbanken, Homologiemodelling, DeNovo-Design, Virtuelles Screening, Docking, Pharmakokinetik/dynamik etc. Ausgewählte Stationen sollen jeweils an einem Wirkstoff verdeutlicht werden, für welchen die betrachteten Methoden (neben den anderen) ein wichtiger Schritt auf dem Weg zum Wirkstoff war. Dabei geht es einerseits um das mathematisch-theoretische Konzept, andererseits um seine numerisch-algorithmische Umsetzung. Weiteres Ziel ist der eigenständige und kritische Umgang mit Fachliteratur.
Zielgruppe: Studierende der Mathematik, BioInformatik sowie verwandter Fächer im Hauptstudium bzw. im Master-Studium.
Scheinkriterium: Benoteter oder unbenoteter Vortrag.
Perspektive: Ergänzende Veranstaltungen im Bereich Scientific Computing mit Möglichkeit zur Abschlussarbeit in verschiedene Richtungen.
Hinweise für BioInformatik-Studierende: Diese Veranstaltung fällt je nach Vortragsthema in die Schwerpunkte A-D; sie ist mit 5 Credits bemessen. |
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(19 234)
- S - |
Fortgeschrittene Methoden in der Molekulardynamik
(2 SWS) (3 cr); Mi 10.15-14.45 - Takustr. 7, Raum 046
(Vorbesprechung: Mi, 16.2.2005, 10.15 - R. 046, Informatikgebäude) |
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Christof Schütte,
Burkhard Schmidt |
Sprechstunde: Mi 14-15 (B. Schmidt)
Zielgruppe, Voraussetzunge: Studierende der Physik, Mathematik, (Bio-)informatik, (Bio-)Chemie im Hauptstudium bzw. Masters-Studiengang; Diplomanden und Doktorranden. Erwünscht sind Kenntnisse der Molekulardynamik z.B. "Simulation von Biomolekülen" im WS 04/05 Reine oder Angewandte Mathematik Inhalt Fortgeschrittene Methoden in der Molekulardynamik, wie sie z.B. in den modernen Material- und vor allem Biowissenschaften zur Anwendung kommen.
o Symplektische Integratoren und multiple Zeitschritte
o Langevin/Brown/Smoluchowski-Dynamik
o Berechnung freier Energien
o Lösungsmitteleffekte und langreichweitige Wechselwirkungen
o Datenkompression und Cluster-Analyse
Für Bioinformatiker anrechenbar im Schwerpunkt B
Perspektiven / Langzeitplanung: Diplom/Masters/Arbeit
Literatur: D. Frenkel, B. Smit Understanding Molecular Simulation, Academic Press, San Diego (2002);
T. Schlick
Molecular Modeling and Simulation. An Interdisciplinary Guide
Springer, Berlin/Heidelberg (2002) |
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(19 235)
- S - |
Moleküle im Rechner
(2 SWS); Mo 16.00-18.00 - Takustr. 7, SR 2006 |
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Burkhard Schmidt,
Ralf Kornhuber,
Christof Schütte,
Frank Cordes,
Wilhelm Huisinga |
Sprechstunde: Mi 14-15 (B. Schmidt)
Zielgruppe, Voraussetzungen:
Studierende der Physik, Mathematik, Bioinformatik, Informatik, Chemie, Biologie im Hauptstudium; Diplomanden und Doktorranden. Erwünscht ist Interesse an aktuellen Fragestellungen der Molekulardynamik.
Inhalt:
In diesem Seminar sollen - fächerübergreifend zwischen Physik, (Bio-)Chemie, Biologie, (Bio-)Informatik und Numerik - Arbeiten auf dem Gebiet der molekularen Dynamik, zellulärer Prozesse sowie physiologischer Prozesse vorgestellt werden, welche sich im Spannungsfeld zwischen Experiment, Modell, Theorie, Numerik und Visualisierung bewegen.
Neben der Darstellung der verschiedenen Forschungsrichtungen, in denen Molekulardynamik eine Rolle spielt, und der Präsentation aktueller Ergebnisse soll ein besonderer Schwerpunkt des Seminars auf der Diskussion der methodischen Aspekte liegen.
Darüber hinaus soll das angekündigte Seminar auch dazu dienen, dass Mitarbeiter der verschiedenen Universitäten und außeruniversitären Institutionen im Großraum Berlin sich treffen können, die Methoden und Vorgehensweise anderer Gruppen kennen lernen und so zum gegenseitigen Austausch angeregt werden.
Perspektiven: Diplom- und Doktorarbeiten im Bereich Biocomputing.
Literatur: Auf aktuelle Publikationen in Fachzeitschriften wird im Seminar hingewiesen. |
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(19 117)
- V - |
Qualitative modeling and analysis of biological networks
(2 SWS); Mi 14.00-16.00 - Arnimallee 2-6, SR 031 |
(n. V.) |
Alexander Bockmayr |
Inhalt:Understanding biological networks (e.g. gene regulatory or metabolic networks) is a major challenge in the post-genomics area, where mathematical modeling and analysis techniques can play a crucial role. Building classical quantitative models based on differential equations is often difficult in biology, due to the lack of reliable experimental data. Therefore, qualitative modeling and analysis approaches, which require less quantitative information, are becoming more and more important.
In this course, we present logical methods for the analysis of
biological networks as pioneered by R. Thomas and others. We study the
dynamics of bioregulatory networks (multistationarity, periodicity etc.)within a logical framework, discuss the corresponding computational problems, and illustrate the approach by examples from molecular biology.
Prof. Bockmayr has been recently appointed at FU Berlin, and is
currently building up a new working group in the area "Mathematics in
Life Sciences". The course is intended to be accessible to an
interdisciplinary audience, and requires no special prerequisites in
mathematics or biology. We plan to further elaborate this topic in
winter 2005/06, where the focus will be on hybrid discrete/continuous
modeling. |
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(19 118)
- Ü - |
Übungen zu 19117
(2 SWS); Do 12.00-14.00 - Arnimallee 3, SR 119 |
(n. V.) |
Alexander Bockmayr |
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(19 244)
- S - |
Mathematical programming in structural biology
(2 SWS); Mi 8.00-10.00 - Arnimallee 3, SR 005 |
(s. A.) |
Alexander Bockmayr |
Vorbesprechung: Mittwoch, 16. Februar 05, SR 211, Arnimallee 3, 14 Uhr oder per e-mail an bockmayr@mi.fu-berlin.de.
Inhalt: Determining the structure of biological macromolecules is often the key to understanding their function. This seminar is devoted to mathematical programming (i.e., mathematical optimization) problems in structural biology. The goal is twofold: on the one hand, we want to present methods from mathematical programming, where our focus will be on constraint and integer programming. On the other hand we want to apply these techniques in structural biology, and learn more about this important area. In the first part of the seminar, we will investigate optimization problems arising in the experimental determination of molecular structures, such as X-ray crystallography and NMR spectroscopy. In the second part, we will study classical problems in computational structural biology, such as structure prediction, structure alignment,threading, and docking, with special emphasis on discrete optimization approaches.
Prof. Bockmayr has been recently appointed at FU Berlin, and is
currently building up a new working group in the area "Mathematics in
Life Sciences". The seminar concentrates on mathematical programming
methods, but is open to students from other disciplines. |
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Weitere Lehrveranstaltungen für den Masterstudiengang Bioinformatik werden von anderen Fachbereichen angeboten. |
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19 718
- P - |
Evolution eukaryontischer Promotorsequenzen
(4 SWS) (9 cr); Praktikum für Fortgeschrittene
n.V. |
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Stefan Röpcke |
Ziel des Praktikums ist die Lösung einer komplexen, praxisnahen Aufgabe. Dabei sollen die Studierenden lernen, wie man Probleme analysiert, spezifiziert und in vorgegebener Zeit löst. Auf Teamarbeit wird Wert gelegt.
Anrechenbar in den Schwerpunkten C und D.
Vorbesprechung am 20.4.05 um 15 Uhr c.t. am MPI, Abteilung Vingron.
Vorbesprechung:
Siehe auch: Veranstaltungsseite
http://lectures.molgen.mpg.de/Genregulation_SS2005/index.shtml
Rückfragen an: Stefan Röpcke roepcke@molgen.mpg.de |
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19 719
- S - |
Evolution eukaryontischer Promotorsequenzen
(2 SWS) (3 cr); Begleitseminar zu 19718 Mi 16.00-18.00 - MPIMG |
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Stefan Röpcke |
Anrechenbar in den Schwerpunkten C und D.
Vorbesprechung: 14.4.05
Weitere Infos: siehe 19718 |
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19 720
- S - |
Information theoretic methods in bioinformatics
(2 SWS) (5 cr); Do 14.00-16.00 - MPI, Ihnestr. 73, SR 3. OG |
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Alexander Schliep |
Vorbesprechung: Donnerstag, 7.4.2005, 14-15 Uhr, SR 3. OG, MPI Molekulare Genetik
In this seminar we will review information theoretic appraches based on the book "Information Theory, Inference and Learning Algorithms" by David J.c. MacKay. The format will be a book-seminar in which all participants have to read the material every time and turns are taken with giving presentations. Depending on the number of participants several talks are to be expected. Towards the end we will focus on information theoretic approaches for HMMs using original literature, using the book-seminar format.
This seminar is targeted at students at the final Master's resp. graduate level and will not review elementary material. Prerequesites are successful attendance of "Algorithmische Bioinformatik" and "Hidden Markov Models" or further advanced course work. A good working knowledge of HMMs and Bayesian statistics in general is required.
Anrechenbar in Schwerpunkt C und D.
Rückfragen an: Alexander Schliep schliep@molgen.mpg.de |
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19 721
- P - |
Implementing information theoretic methods in bioinformatics
(2 SWS) (5 cr); MPI Molekulare Genetik, Ihnestr. 73 |
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Alexander Schliep |
In this practical course we will implement selected methods covered in the book seminar "Information theoretic methods in bioinformatics" and perform numerical experiments to further investigate theoretical observations. A particular emphasis will be put on information theoretic methods as applied to clustering problems and, more generally, in the context of HMMs.
This practical course is targeted at students at the final Master's resp. graduate level. Prerequesites are successful attendance of "Algorithmische Bioinformatik" and "Hidden Markov Models" or further advanced course work. A good working knowledge of HMMs and Bayesian statistics in general is required. Solid programming experience in Python an C is required.
Zielgruppe: Studierende des Masterstudiengangs Bioinformatik
Anrechenbar in den Schwerpunkten C und D.
Vorbesprechung:
Rückfragen an Alexander Schliep: schliep@molgen.mpg.de |
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19 722
- V - |
Analyse Physiologischer Signale
(5 SWS) (7 cr); Vorlesung, Seminar und Übungen am PC Mi 14.15-15.45 Do 10.15-11.45 - Arnimallee 22, Raum 69 bzw. 78 (PC-Pool) |
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Manfred Lambertz |
Die Veranstaltung ist sehr Praxis bezogen und wurde speziell für Studenten der Bioinformatik im Masterstudiengang konzipiert. Sie behandelt grundlegende Probleme der Signalanalyse, wie sie typischerweise bei biologischen und physiologischen Systemen auftreten.
Voraussetzungen: Grundkenntnisse in Physiologie und Biologie sowie elementare PC-Kenntnisse.
Anrechenbar im Schwerpunktbereich A, B, D (Masterstudiengang).
Vorbesprechung mit Festlegung der Teilnehmer und Einführungsvorlesung: Mittwoch, 20.04.05, 14:00-16:00 Uhr, Institut für Physiologie, Arnimallee 22, EG Raum 69.
Interessierte Studenten melden sich bis zum 18.04.05 per E-Mail beim Dozenten: manfred.lambertz@charite.de
Ausführliche Informationen und Termine unter:
http://www.medizin.fu-berlin.de/klinphys/bioinfo/index.htm |
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19 723
- S - |
Pathophysiologie
(1 SWS) (2 cr); Block - Inst. f. Klin. Physiologie |
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Dorothee Günzel,
Michael Fromm,
Salah Amasheh,
Joachim Mankertz,
Jan Richter |
Voraussetzung: Vorkenntnisse in Medizin
Anmeldung über michael.fromm@charite.de
Anrechenbar in Modul 10 und in den Schwerpunkten A und B.
Siehe auch unter: http://www.medizin.fu-berlin.de/klinphys/bioinfo/index.htm |
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19 724
- V - |
Schlüsseltechnologien bei der Untersuchung der epithelialen Barriere
(1 SWS) (2 cr); Vorlesung und Übung Block |
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Joachim Mankertz,
Dorothee Günzel
u.a. |
Inhalt:
(1) Vom Protein zum Gen und zurück - Grundlagen gentechnischer Verfahren
(2) Ein Schalter für Gene - Methoden zur funktionellen Analyse der Genregulation
(3) Chromas, LaserGene und Co. - Molekularbiologische Analysesoftware in der Praxis
(4) Zur Struktur- auch die Funktionsanalyse - Elektrophysiologische Bestimmung von Transport- und Barriereeigenschaften
(5) Die Kinetik molekularer Wechselwirkungen - Das Biacore-Verfahren
(6) Ein Blick in die Zelle - Konfokale Laserscanning-Mikroskopie
Anrechenbar in Modul 10 und in den Schwerpunkten A und B.
Anmeldung über dorothee.guenzel@charite.de
Vorbesprechung: Mo 11.4., 14 Uhr Seminarraum des Insituts für klinische Physiologie
Weitere Infos unter:
http://www.medizin.fu-berlin.de/klinphys/bioinfo/index.htm |
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19 725
- V - |
Transkriptionelle Regulation - Theorie und Methoden
(Vorlesung und Seminar)
(2 SWS) (4 cr); Mi 10.00-12.00 - Arnimallee 2-6, SR 007/8
Schwerpunkte A und C |
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Silke Sperling |
Sprechstunde: per e-mail zu vereinbaren unter: sperling@molgen.mpg.de
Zielgruppe: Studierende der Bioinformatik (Master).
Inhalt: Es sollen die aktuellen Theorien zur transkriptionellen Regulation, den
beteiligten Faktoren (inkl. epigenetischer Faktoren) behandelt werden. Neben
dem Verständnis über die Regulationsvorgänge sollen auch molekularbiologische
Methoden und Experimentdesign, welche zur Datengenerierung dienen, mit ihren
methodischen Grenzen und Fehlerquellen erörtert werden.
Gedacht ist an eine integrierte Vorlesung mit Erarbeitung der thematischen
Grundlagen ergänzt durch Seminarvorträgen der Teilnehmer basierend auf primär
Literatur.
Voraussetzungen: Grundverständnise im Bereich der Genexpression
Max. Teilnehmer: 30
Literatur: wird im Seminar zu Anfang bekannt gegeben |
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19 726
- V - |
Biometrie
(4 SWS) (5 cr); Vorlesung und Praktikum Mi 10.15-12.30 - Inst. für Physiologie, Arnimallee 22, n.V. |
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H.-C. Gunga,
H.-E. Koralewski |
In dieser Lehrveranstaltung werden nicht-invasive Messverfahren für physiologische Parameter vorgestellt. Unter Einsatz mobiler, telemetrischer Datenübertragung werden online die Daten des wachen Menschen bei verschiedenen Belastungen registriert und dargestellt. Ziel der Lehrveranstaltung ist es, neben der Vermittlung von physiologischem und messtechnischem Basiswissen, anhand von praktischen Versuchen und Übungen den Studierenden mit biometrischen Messverfahren, deren Auswertung und Interpretation vertraut zu machen.
Nur für Studierende im Masterstudiengang.
Anrechbar in den Schwerpunkten A, B, D.
Vorbesprechung mit Festlegung der Teilnehmer und Einführungsvorlesung: 20.04.05, 10:15-12:00 Uhr Inst. für Physiologie, 2. Stock Raum 253.
Interessierte Studenten melden sich bis zum 15.04.05 per E-Mail beim Dozenten: eberhard.koralewski@charite.de
Ausführliche Informationen und Termine unter:
http://www.medizin.fu-berlin.de/klinphys/bioinfo/ |
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19 727
- S - |
Otto Warburg International Summer School and Workshop on Networks and Regulation
(2 SWS) (4 cr); 26.8. - 4.9.2005
Zuse Institut Berlin |
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Martin Vingron,
Peter Arndt,
Michael Lässig |
Inhalt: The aim of this program is to bring together researchers and students from different backgrounds (including molecular biology, bioinformatics, biological physics) to discuss "Networks and Regulations", a topic of high current interrest on the interface between statistical physics and biology. We plan an integrated program, which is focused on high-level training during the first days and leads to topical reseyrch seminars in the second part.
We will discuss ideas and approaches both from physics and biology. the goal is to promote a joined effort and establish a common ground to approach problems in ths emerging field of research. The schedule will leave sufficient time for discussion and interaction among students and lecturers.
Credits und Note werden nach einer mündlichen Prüfung bei Prof. Vingron vergeben.
Zielgruppe: Masterstudenten
Anrechenbar in den Schwerpunkten A und B.
Bewerbung und Anmeldung zur Veranstaltung über die Homepage:
http://ows.molgen.mpg.de |
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19 728
- P - |
Techniken des Molecular Modeling
(5 SWS) (5 cr); Blockveranstaltung: 12.-23.9.2005
Inst. f. Biochemie, Monbijoustr. 2, Seminarraum EG |
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Cornelius Frömmel |
Inhalt: Verbreitete Methoden der Bioinformatik werden geübt. anhand einer Gruppe von Proteinen werden sämtliche Schritte von der Datenbankrecherche bis zum homologiebasierten Bau eines Strukturmodells durchgeführt. Diese beinhalten u.a.: biologische Datenbanken, Sequenzdatenbanken, Sequenzsuchverfahren, BLAST/FASTA, PSI-BLAST, Sequenzalignments, Strukturbasiertes Alignment, Visualisierung von Proteinstrukturen, Homologiemodellierung.
Viele Methoden sind so gewählt, dass sie auch im Laboralltag von Nutzen sein können. Die selbständige Beherrschung dieser Techniken ist Thema des Abschlusstestats.
Voraussetzungen: Grundlagen der Molekularbiologie
Zielgruppe: Bioinformatikstudenten ab dem 4. Semester. Für Bachelors anrechenbar in Modul 10, für Masterstudenten anrechenbar in Schwerpunkt B und D.
Vorbesprechung: Mo. 4. Juli um 12:00 Uhr im Seminarraum EG, Institut für Biochemie am CCM, Monbijoustr. 2.
Rückfragen an: Kristian Rother, kristian.rother@charite.de |
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| Titeländerung |
(21 635)
- S - |
Medizinische Bioinformatik I: Vom Peptid zur Leitstruktur
; für Biochemiker 2 SWS (2 cr), für Bioinformatiker 4 cr; Mo 17.00-18.45 - Institut für Molekularbiologie und Bioinformatik, Arnimallee 22, Hs B |
(18.4.) |
Paul Wrede |
Anrechenbar für Bioinformatiker im Schwerpunkt B
E-mail: paul.wrede@charite.de |
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(21 642a)
- V - |
Regulation der Genexpression durch Onkogene und Viren und Intervention durch Gentherapie
(Vorlesung / Seminar: insgesamt 1 SWS)
; Vorlesungstermine: ein Freitag pro Monat, jeweils 15.15-18.30 -
Biochemie, Thielallee 63, Hs |
(s. A.) |
Karin Mölling |
1. Inhalt:
Signaltransduktion in normalen und Tumorzellen, Protein Kinase Kaskaden, Transkriptionsregulation, Proteindomänen, Modulation durch Phosphorylierung, Protein-Protein-Interaktion
Onkogene von Viren und zelluläre Onkogene, Tumorsuppressorgene, Multifaktorielle Krebsentstehung
Viren, molekulare Mechanismen der Replikation, Pathogenese, Schwerpunkt HIV,
Gentherapie (Ribozyme, Antisense, siRNA, Triplex, Immunmodulatoren, Suizidgene, Viren als Vektoren)
2. Literatur:
Molekulare Onkologie, Christoph Wagener, Thieme Verlag (1999)
Molekulare Virologie, S. Modrow u. D. Falke, Spektrumverlag (2003)
3. Weitere Bemerkungen:
Möglichkeiten zur Labormitarbeit sind in Zürich (Institut für Medizinische Virologie) gegeben (s. 21 642c), (2 Monate nach Absprache)
Prof. Dr. K. Mölling: moelling@immv.unizh.ch |
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(21 642b)
- S - |
Seminar zur Vorlesung 21642a
(V und S insgesamt 1 SWS)
; Vorlesung/ Seminar: ein Freitag pro Monat, jeweils 15.15-18.00 -
Biochemie, Thielallee 63, Hs |
(s. A.) |
Karin Mölling |
1. Inhalt:
Signaltransduktion in normalen und Tumorzellen, Protein Kinase Kaskaden, Transkriptionsregulation, Proteindomänen, Modulation durch Phosphorylierung, Protein-Protein-Interaktion
Onkogene von Viren und zelluläre Onkogene, Tumorsuppressororgane, Multifaktorielle Krebsentstehung
Viren, molekulare Mechanismen der Replikation, Pathogenese, Schwerpunkt HIV,
Gentherapie (Ribozyme, Antisense, Triplex, Immunmodulatoren, Suizidgene, Viren als Vektoren)
2. Literatur:
Molekulare Onkologie, Christoph Wagener, Thieme Verlag (1999)
Molekulare Virologie, S. Modrow u. D. Falke, Spektrumverlag (2003)
3. Weitere Bemerkungen:
Möglichkeiten zur Labormitarbeit sind in Zürich (Institut für Medizinische Virologie) gegeben (s. 21 642c), (2 Monate nach Absprache)
Prof. Dr. K. Mölling: moelling@immv.unizh.ch |
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(21 686)
- S - |
Kommunikation im Nervensystem
(für Bioinformatiker: 2 cr, anrechenbar im Schwerpunkt A und in Modul 10)
(1 SWS); Vorbesprechung und Terminabsprache am 11.04., 13.00 - 14.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs |
(n. V.) |
Frank Kirchhoff |
1. Inhalt (Content):
Allgemeine und aktuelle Aspekte der molekularen und zellulären Kommunikationsmechanismen im zentralen und peripheren Nervensystem sollen in Form einer Blockveranstaltung (Symposiumscharakter, zwei volle Tage) diskutiert werden.
General and recent aspects of molecular and cellular communication mechanisms of the nervous system will be discussed at a two-days symposium.
2. Literatur (literature):
Neuroscience-Exploring the Brain (Nov. 2000), 2nd edition by Bear, Connors, Paradiso (ISBN 0683305964)
Literatur (in Englisch) wird zur Verfügung gestellt.
Literature (in English) will be provided to the participants.
Dr. F. Kirchhoff: kirchhoff@em.mpg.de |
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(23 726)
- V - |
Im Reich der Sinne: Sinneswelten der Tiere und des Menschen
(2 SWS) (3 cr); Do 17.30-19.00 - Zoologie, Königin-Luise-Str. 1-3, Großer Hs |
(21.4.) |
Randolf Menzel,
Hans-Joachim Pflüger |
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(23 728)
- V/S - |
How the Nervous System Develops
(2 SWS) (3 cr); Di 16.15-17.45 - Neurobiologie, Königin-Luise-Str. 24-26, Seminarraum |
(19.4.) |
Hans-Joachim Pflüger,
Carsten Duch |
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(23 906)
- P/S - |
3D-Bildgebung und Geometriekonstruktion in der Biologie für Biologen und Bioinformatiker
(Info Bioinformatik: Anrechenbar in Modul 10 und in den Schwerpunkten A und D)
(5 SWS) (5 cr) (max. 6 Teiln.); 2 Wochen ganztägig in der vorlesungsfreien Zeit (Termin wird gemeinsam vereinbart) -
Neurobiologie, Königin-Luise-Str. 24-26, Gebäude II
(verbindl. Vorbespr.: 17.6., 10.00 – Neurobiologie, Königin-Luise-Str. 24-26, Seminarraum) |
(n. V.) |
Sabine Krofczik,
Dagmar Malun |
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(23 907)
- P/S - |
FP Experimente, Analysen, Simulationen: Von der Datenerhebung zum Modell in der experimentellen Neurobiologie für Bioinformatiker
(Info Bioinformatik: Anrechenbar in Schwerpunkt A)
(5 SWS) (5 cr) (max. 12 Teiln.); 2 Wochen im Block, ganztägig - Neurobiologie, Königin-Luise-Str. 24-26, Gebäude II, Kursräume
(verbindl. Vorbespr.: 18.4., 17.00 - Neurobiologie; Königin-Luise-Str. 24-26; Seminarraum) |
(n. V.) |
Bernd Grünewald,
Sonja Grün |
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(23 909)
- P/S - |
Concepts in Neuroinformatics: Functional Connectivity
(Info Bioinformatik: Für Bachelorstudenten und Masterstudenten, Schwerpunkt A; Voraussetzung: abgeschlossenes Grundpraktikum Tierphysiologie oder Bioinformatiker im Masterstudiengang)
(2 SWS) (4 cr) (max. 26 Teiln.); Mi 18.00-20.00 - Neurobiologie, Königin-Luise-Str. 24-25, Seminarraum
(Vorbesprechung und Beginn: 13.4., 18.00) |
(13.4.) |
Sonja Grün,
Randolf Menzel |
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19 729
- S - |
Aktuelle Problematik des alternativen Spleißens
(2 SWS) (4 cr); n. V. - Arnimallee 22, 2. Stock, Rechnerraum AG Kleffe |
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Martin Stephan,
Sven Mielordt,
Friedrich Moeller |
Vorbesprechung am Dienstag, 12.4.05 um 17:00 Uhr.
Anrechenbar im Schwerpunkt C.
Inhalt: Im Rahmen der Auswertung und Nachbearbeitung des BCB Workshops im Dezember letzten Jahres sollen in diesem Seminar aktuelle Probleme und Fragestellungen des alternativen Spleissens diskutiert werden. Nach einfuehrenden Vortraegen der Dozenten beschaeftigen sich die Teilnehmer mit Originalpublikationen zum Thema alternatives Spleissen und referieren darueber. Die Themenvergabe erfolgt nach den Einleitungsvorlesungen. Masterstudenten der Bioinformatik koennen 4 credits erwerben.
Voraussetzung: Bachelor in Bioinformatik, Kentnisse in Molekularbiologie
Kontakt: martin.stephan@charite.de
Homepage: http://www.medizin.fu-berlin.de/molbiochem/molbiol/bioinf/index.shtml |
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